El derecho a la libertad de asociación vale también para las asociaciones. Esto implica que los miembros de una asociación tienen derecho de elegir con quién asociarse. La Comisión Africana corrobora este principio[1] en sus Directrices para la Libertad de Asociación y de Reunión Pacífica en África, en que explica que
En el mismo sentido, el TEDH ha sostenido que el derecho a la libertad de asociación comporta el derecho a que una asociación privada elija a sus miembros:
A veces es necesario guardar un equilibrio entre los derechos de la colectividad y los de cada individuo. En el caso de Arenz y otros contra Alemania, el Comité de Derechos Humanos de las Naciones Unidas falló a favor de la libertad de un partido político de no asociarse con cienciólogos en detrimento de los deseos de estos últimos de asociarse al partido. En este caso los demandantes fueron cienciólogos que fueron expulsados de uno de los principales partidos políticos de Alemania, la Unión Demócrata Cristiana (CDU) en vista de su religión. Las expulsiones se dieron después de que la CDU adoptó una resolución en la cual se indicó que la pertenencia a la Cienciología era incompatible con la pertenencia a la CDU. Los demandantes cuestionaron infructuosamente sus expulsiones ante los tribunales de justicia. Los tribunales alemanes concluyeron que la decisión de la CDU no era arbitraria y que no interferirían con la autonomía de ese partido político en materia de sus miembros. Al final, el Comité de Derechos Humanos asumió la posición de que no podía interferir con los fallos de los tribunales alemanes al respecto del equilibrio de intereses que debía existir entre los demandantes y los miembros del partido[4] .
En las Directrices conjuntas sobre la Libertad de asociación de la OSCE/OIDDH y la Comisión de Venecia se estipula que las asociaciones deben tener la libertad de decidir cuáles reglas se habrán de aplicar a sus miembros, con arreglo solamente al principio de no discriminación[5] .
